متأخرین پنج هزار و هفتاد و دو حدیث است و حسان صد و چهل و چهار حدیث است و موثقات هزار و صد و شانزده حدیث است و قوی سیصد و دو حدیث است و ضعاف نُه هزار و چهارصد و هشتاد و پنج حدیث است و در سال سیصد و بیست و نه یا بیست و هشت که سنۀ تناثر نجوم به ارض است، آن جناب وفات یافت و وفاتش در بغداد اتفاق افتاد و در مقبره اش در باب الکوفه مدفون شد و محمد بن جعفر حسینی که ملقب به ابو قیراط است بر او نماز گذارد. سید هاشم بحرانی متقدم در کتاب روضة العارفین گفته که بعضی از ثقات از علمای معاصرین گفته اند که شخصی از حکام بغداد بنای قبر محمد بن یعقوب کلینی را دید و سؤال کرد که این قبر کیست؟ گفتند که قبر یکی از علمای شیعه است. پس امر کرد که آن را خراب کردند و قبر را شکافتند دیدند که آن بزرگوار با کفن باقی مانده و نپوسیده و با او طفل کوچکی با کفنش مدفون است پس امر کرد تا این که دفن کردند و بر آن قبه بنا نهادند ولی الآن قبر معروف و مزار و مشهد است تا این جا کلام سید هاشم بود و بعضی از مشایخ که گویا سید نعمت اللّه جزایری باشد گفته است که سبب حفر آن قبر مطهر آن بود که شخصی از حکام بغداد دید که مردمان به زیارت ائمه علیهم السلام مفتون می باشند پس بغض و عداوت اهل بیت او را بر آن داشت که قبر اطهر حضرت موسی بن جفعر علیه السلام را حفر کند و گفت که اگر اعتقاد شیعه حق است پس او الآن در قبر موجود است والا مردم را خواهیم از زیارت قبور ایشان منع نمود پس بعضی به آن حاکم گفتند که در اینجا مردی از علمای ایشان که از اقاطاب ایشان است مدفون است و اعتقاد ایشان آن است که قبر علمای ایشان نیز محفوظ و بدن ایشان هم متغیر نمی شود پس قبر آن عالم را که محمد بن یعقوب کلینی است بشکافید پس آن قبر را شکافته دیدند که محمد بن یعقوب کلینی به همان هیئت خود مدفون است و هیچ تغییری در او راه نیافته پس امر کرد که بر قبرش قبۀ عظیمی و بنای قویمی بنا کردند و آنجا مزار مشهوری شد و برای محمد بن یعقوب کلینی تألیفاتی نیز نقل شده از آن جمله کتاب کافی است که مانند شمس فی رابعة النهار است و کتاب رسائل الأئمة و کتاب ردّ بر قرامطه و کتاب تعبیر رؤیا و کتاب رجال و کتاب آنچه گفته شده در ائمه از شعر رحمه اللّه تعالی و أسکنه فی غرفات الجنان.