تاکنون نقاط مبهم و نامعلوم فراوانی در شرح حال زندگیش موجود است که علی رغم تلاش ها و تحقیقات زیادی که امروزه به عمل آمده، بی نتیجه مانده و پرده از آن سالیان درازی، که این وارث انبیاء در خدمت به اسلام برداشته نشده است.

آنچه از تاریخ می توان استفاده کرد این که کلینی، نواب خاص امام زمان علیه السلام را درک کرده و بسیاری از احادیث و اخبار را از مصدر اصلی و دست اولش اخذ کرده است.

سال ولادت مرحوم کلینی معلوم نیست، ولی سال وفاتش را 328 یا 329 هجری ذکر کرده اند. مکان ولادت او قریه ای است به نام کلین که لقب آن بزرگوار مشتق از اسم همین قریه است. کلین قریه ای است در 38 کیلومتری جنوب غربی شهر ری، و از این قریه فقها و محدثین زیادی برخاسته اند که از آن جمله محمد بن یعقوب کلینی «ثقة الاسلام» و دایی او مرحوم «علّان» است.

مرحوم کلینی مدتی در کلین به امامت و رهبری تشیع پرداخت، و سپس به بغداد هجرت کرد و در آن جا نیز به تدریس علوم اهل بیت اشتغال داشت.

نجاشی می گوید: «او در زمان خود، شیخ و پیشوای شیعه بود در ری، او حدیث را از همه بیشتر ضبط کرده و بیشتر از همه مورد اعتماد است» .

ابن طاووس حلی می گوید: «توثیق و امانت کلینی مورد اتفاق همگان است» .

ابن اثیر صاحب کتاب الکامل فی التاریخ می گوید: «او به فرقۀ امامیه در قرن سوم هجری زندگی تازه ای بخشید، و پیشوا و عالم بزرگ و فاضل و مشهور در آن مذهب است» .

ابن حجر عسقلانی می گوید: «کلینی از رؤسای فضلای شیعه است در ایام مقتدر عباسی» .

ملا محمد تقی مجلسی می گوید: «حق این است که در میان علما شیعه مانند کلینی نیامده است، و هر که در اخبار و ترتیب کتابت او دقت کند در می یابد که او از جانب خداوند تبارک و تعالی مؤید بوده است» .

محقق حلی در مقدمۀ معتبر می گوید: «نظر به این که فقها ما رضوان اللّه علیهم