برخی از نسخ خطی مورد مقابلۀ آیت اللّه شبیری زنجانی عبارتند از:

- نسخۀ شیخ محمد صالح مازندرانی، به خط حسین بن حاجی محمد استرابادی در تاریخ 891 نگاشته و در همان سال مقابله شده با دو نسخۀ صحیح و نیز با نسخۀ مصححه که بر شیخ بهایی قرائت شده در سال 1045 مقابله شده است.

این نسخه سپس به کتابخانۀ آستان قدس رضوی اهدا شده است.

- نسخۀ شیخ حسین بن عبد الصمد (پدر شیخ بهایی) که در نزد مرحوم آیت اللّه خادمی بوده است.

بر این نسخه علائم مقابله از شیخ حسین بن عبد الصمد به تاریخ 959 و دیگران دیده می شود، در برخی از اجزاء نسخه نام کاتب محب اللّه بن محمد بن علی اتابک البهمنی و تاریخ کتابت آن جزء، 960 دیده می شود.

- نسخۀ سید علی خان مدنی، که در مدرسۀ سعادت قم نگاهداری می شود.

- نسخۀ ملا فتح اللّه مفسر که در کتابخانۀ فیضیۀ قم نگاهداری می شود، این نسخه بتاریخ 980 (و برخی اجزاء آن بتاریخ 998) نگاشته شده و با نسخۀ مصححه ای مقابله شده است.

- نسخۀ شیر احمد بن عبد الملک تونی که نزد حجة الاسلام و المسلمین کاظم مدیر شانه چی بوده است.

- نسخۀ شیخ حر عاملی که به خط سالم الجزائری در 1072 نگاشته شده و توسط صاحب وسائل در تاریخ 1074 تصحیح شده است، ناسخ، این نسخه را بر صاحب وسائل سماع داده است.

- نسخۀ نباطی، این نسخه توسط احمد بن علی بن حسن مشهور بابن موسی نباطی با نسخه ای که با نسخۀ شهید ثانی مقابله شده مقابله گردیده است. تاریخ یادداشت مقابله 973 می باشد.

- نسخۀ ملا فتح اللّه مفسّر، کتابخانۀ آیت اللّه مرعشی رقم 372، این نسخه بتاریخ 972 نگاشته شده است و علامت بلاغ در آن دیده می شود.