اين‌رو، كتاب «تهذيب الاحكام» را به عنوان شرح استدلالى كتاب «المقنعة» استادش، شيخ مفيد به جامعه فقهى عرضه كرد. وى همچنين براى حلّ مشكل تعارض احاديث، كتاب حديثى «الإستبصار» را نگاشت. او در اين دو كتاب علاوه بر گردآورى احاديث فقهى امامان معصوم عليهم السّلام، شيوه استنباط و چگونگى حلّ مشكل تعارض را به صورت كاربردى روشن ساخت و در اين زمينه گام بلندى برداشت.

ديگر گام ارزشمند شيخ طوسى، تفريع اصول و توسعه فروع فقهى بود. وى با تأليف كتاب ارزشمند «المبسوط» توانايى فقه شيعه را در پاسخگويى به نيازهاى فقهى عصر خود بر اساس اجتهاد مبتنى بر نصّ ثابت كرد؛ بدون اينكه در وادى قياس و استحسان فرو غلتد. از آنجا كه اين حركت در شرايط مسابقه و مقابله با فقه حاكم و دولتى، يعنى

انتقال از فضاى فقه حاكم و دولتى به فضايى مستقل و بدور از تأثيرات آن، براى فقه شيعه، دست كم دو قرن به طول انجاميد و در آثار محقق حلّى و فقيهان پس از او متجلّى شد. همچنين اثبات پيشگامى فقه شيعه مى‌طلبيد كه شيخ طوسى در كنار توسعه فقه تفريعى، به فقه مقارن (فقه تطبيقى) نيز بپردازد. از اين‌رو، با نگاشتن كتاب «الخلاف» عظمت و برترى فقه شيعى را نسبت به فقه ساير مذاهب به رغم دورى گزيدن از رأى و قياس نشان داد و در اين زمينه نيز براى خود جايگاهى بلند احراز كرد.

شيخ طوسى به پژوهشهاى قرآنى و بهره‌گيرى از آنها در فقه نيز اهتمام ورزيد. تفسير وى، يعنى «التّبيان» كه بى گمان نقش مهمى در رنگ گرفتن بيش از پيش فقه شيعى از قرآن داشت، نشانگر اهتمام اين فقيه برجسته به قرآن كريم و منبع اساسى بودن آن در تشريع احكام است.

تلاش شيخ طوسى در بهره‌گيرى از قرآن كريم در فقه، يك قرن بعد در كتاب ارزشمند «فقه القرآن» نگاشته قطب‌الدين راوندى به ثمر نشست؛ كتابى كه به رغم غنى شدن مكتب فقهى شيعه با ميراث فقهى قرآن در طول ده قرن كوشش مستمرّ فقيهان، هنوز هم زنده و ممتاز است.